Thuế giá trị gia tăng là sắc thuế quen thuộc nhưng cũng là nguồn rủi ro lớn nếu doanh nghiệp hiểu sai bản chất và xử lý không đúng. Thực tế cho thấy, rất nhiều khoản thuế GTGT đầu vào dù đã kê khai vẫn bị loại khi quyết toán do vi phạm nguyên tắc khấu trừ hoặc thiếu chứng từ hợp lệ. Bài viết này tập trung làm rõ cách xử lý thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, từ nguyên tắc cốt lõi, chứng từ cần thiết đến cách kê khai thuế GTGT đúng để tránh bị loại chi phí.
1. Hiểu Đúng Bản Chất Thuế Giá Trị Gia Tăng Đầu Vào Trước Khi Nghĩ Đến Khấu Trừ
Trước khi bàn đến việc kê khai hay khấu trừ, điều quan trọng nhất là phải hiểu đúng bản chất của thuế GTGT đầu vào. Nhiều sai sót trong thực tế không đến từ kỹ thuật kê khai, mà bắt nguồn từ việc đánh đồng thuế GTGT với chi phí kế toán hoặc hiểu sai mối quan hệ giữa thuế và hoạt động kinh doanh.
1.1. Thuế GTGT Đầu Vào Không Phải Chi Phí Nhưng Có Thể Bị Loại Như Chi Phí
Về mặt kế toán, thuế GTGT đầu vào không được ghi nhận là chi phí nếu đủ điều kiện khấu trừ. Tuy nhiên, trong thực tế thanh tra thuế, nếu hóa đơn không hợp lệ, thanh toán không đúng quy định hoặc giao dịch không phục vụ hoạt động kinh doanh chịu thuế, cơ quan thuế sẽ loại toàn bộ thuế GTGT đầu vào đó. Khi bị loại, khoản thuế này không còn giá trị khấu trừ và người kinh doanh buộc phải gánh chịu như một chi phí thực tế.
Không ít trường hợp doanh nghiệp có hóa đơn đầy đủ nhưng thanh toán bằng tiền mặt cho giao dịch giá trị lớn hoặc thanh toán không đúng đối tượng, dẫn tới toàn bộ thuế GTGT đầu vào bị bác khi quyết toán.
1.2. Khi Nào Thuế GTGT Được Khấu Trừ Và Khi Nào Bị Treo
Thuế GTGT đầu vào chỉ được khấu trừ khi đồng thời thỏa mãn ba điều kiện cốt lõi gồm hóa đơn hợp pháp, chứng từ thanh toán phù hợp và hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động kinh doanh chịu thuế. Nếu thiếu một trong các điều kiện này, thuế GTGT đầu vào có thể bị treo để chờ bổ sung hoặc bị loại hoàn toàn.
Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp để thuế GTGT đầu vào treo qua nhiều kỳ do chưa hoàn tất thanh toán hoặc thiếu chứng từ. Khi đến thời điểm quyết toán mà hồ sơ vẫn chưa đầy đủ, cơ quan thuế sẽ loại phần thuế này mà không chấp nhận bổ sung hồi tố.
1.3. Mối Liên Hệ Giữa Thuế GTGT, Miễn Thuế Và Hoạt Động Kinh Doanh Thực Tế
Miễn thuế GTGT và không chịu thuế GTGT là hai khái niệm khác nhau nhưng thường bị nhầm lẫn. Miễn thuế là chính sách áp dụng cho đối tượng hoặc ngưỡng doanh thu nhất định, trong khi không chịu thuế là đặc điểm pháp lý của hàng hóa, dịch vụ.
Với hộ kinh doanh có doanh thu dưới ngưỡng miễn thuế từ năm 2026, toàn bộ doanh thu thuộc diện miễn sẽ không phát sinh nghĩa vụ kê khai và nộp thuế GTGT. Tuy nhiên, khi doanh thu vượt ngưỡng hoặc phát sinh hoạt động chịu thuế, việc phân định rõ từng loại doanh thu trở nên đặc biệt quan trọng để tránh sai sót.
2. Những Nguyên Tắc “Ngầm” Khi Cơ Quan Thuế Soát Thuế GTGT Đầu Vào
Ngoài các quy định thể hiện rõ trên văn bản pháp luật, cơ quan thuế còn áp dụng nhiều nguyên tắc kiểm tra dựa trên logic kinh tế và thực tế dòng tiền. Đây là những yếu tố thường quyết định việc thuế GTGT đầu vào có được chấp nhận hay không.
2.1. Nguyên Tắc Phù Hợp Giữa Hóa Đơn Và Hoạt Động Tạo Doanh Thu
Hóa đơn đầu vào phải phản ánh giao dịch thực sự phục vụ cho hoạt động tạo doanh thu. Nếu nội dung hóa đơn không phù hợp với ngành nghề kinh doanh, quy mô hoạt động hoặc mô hình doanh thu, cơ quan thuế sẽ yêu cầu giải trình và có thể loại thuế GTGT đầu vào nếu không chứng minh được tính liên quan.
2.2. Nguyên Tắc Dòng Tiền Khi Xét Khấu Trừ Thuế GTGT
Dòng tiền là yếu tố then chốt khi xét khấu trừ thuế GTGT. Cơ quan thuế không chỉ xem xét hình thức thanh toán mà còn đối chiếu thời điểm, nội dung và đối tượng thanh toán. Các khoản thanh toán vòng, thanh toán hộ hoặc chuyển tiền không rõ nội dung đều tiềm ẩn nguy cơ bị bác quyền khấu trừ.
2.3. Nguyên Tắc Phân Loại Hàng Hóa Chịu Thuế Và Không Chịu Thuế GTGT
Với người kinh doanh vừa có hoạt động chịu thuế vừa có hoạt động miễn thuế hoặc không chịu thuế, việc phân loại và phân bổ thuế GTGT đầu vào là yêu cầu bắt buộc. Nếu phân bổ không hợp lý so với cơ cấu doanh thu thực tế, phần thuế GTGT đầu vào liên quan có thể bị loại khi thanh tra.
3. Chứng Từ Để Kê Khai Thuế GTGT
Chứng từ là nền tảng của mọi hồ sơ kê khai thuế GTGT. Không chỉ để kê khai đúng, chứng từ còn là cơ sở pháp lý quan trọng khi giải trình với cơ quan thuế.
3.1. Hóa Đơn GTGT Cần Kiểm Soát Những Yếu Tố Nào Ngay Từ Khi Nhận
Ngay khi nhận hóa đơn, người kinh doanh cần kiểm tra kỹ các thông tin về bên bán, mã số thuế, nội dung hàng hóa, thuế suất và thời điểm lập hóa đơn. Những sai sót tưởng chừng nhỏ như mô tả hàng hóa không rõ ràng hoặc sai thông tin cơ bản đều có thể trở thành lý do để thuế GTGT đầu vào bị loại.
3.2. Chứng Từ Thanh Toán Và Các Tình Huống Dễ Bị Bác Khi Soát Thuế
Thanh toán không dùng tiền mặt là điều kiện bắt buộc đối với nhiều giao dịch. Trong thực tế soát thuế, các trường hợp thanh toán không đúng đối tượng, không khớp thời điểm hoặc thiếu chứng từ ngân hàng thường bị bác quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
3.3. Chứng Từ Phụ Trợ Thường Bị Bỏ Quên Nhưng Lại Rất Quan Trọng
Đây là "lá chắn" cuối cùng khi giải trình. Cơ quan thuế áp dụng nguyên tắc "Bản chất trọng hơn hình thức". Một tờ hóa đơn có thể làm giả, nhưng một bộ hồ sơ nghiệp vụ thì khó làm giả hơn.
Hợp đồng: Phải có điều khoản về giao nhận, bảo hành và phương thức thanh toán.
Phiếu nhập kho/Biên bản giao hàng: Chứng minh hàng hóa đã thực sự đi vào kho của doanh nghiệp (tránh hóa đơn khống).
Lưu ý về Dịch vụ: Với các dịch vụ như tư vấn, quảng cáo, đào tạo (không có hình thái vật chất), cần có thêm "Sản phẩm bàn giao" (Báo cáo kết quả, hình ảnh nghiệm thu, log dữ liệu...) để chứng minh giao dịch có thật.
4. Kê Khai Thuế GTGT Đầu Vào Đúng Cách Để Tránh Bị Loại Chi Phí
Kê khai thuế GTGT cần được nhìn nhận như một quy trình kiểm soát rủi ro, không chỉ là thao tác hành chính.
4.1. Quy Trình Kê Khai Thuế GTGT Đầu Vào Chuẩn Thực
Quy trình kê khai chuẩn bắt đầu từ việc rà soát hóa đơn, đối chiếu chứng từ thanh toán và phân loại đúng mục đích sử dụng. Chỉ những khoản thuế GTGT đầu vào đáp ứng đầy đủ điều kiện mới nên đưa vào tờ khai để khấu trừ.
4.2. Cách Kê Khai Thuế GTGT Trên Tờ Khai Hàng Tháng Hoặc Quý
Việc kê khai theo tháng hay theo quý không làm thay đổi điều kiện khấu trừ nhưng ảnh hưởng đến khả năng kiểm soát sai sót. Kê khai đều đặn, kiểm tra thường xuyên giúp giảm rủi ro tích lũy lỗi khi quyết toán.
4.3. Lưu Ý Khi Kê Khai Thuế GTGT Cho Hộ Kinh Doanh
Từ năm 2026, hộ kinh doanh không còn áp dụng thuế khoán và phải xác định doanh thu thực tế. Với hộ có doanh thu dưới 500 triệu đồng mỗi năm, hoạt động kinh doanh được miễn thuế GTGT. Tuy nhiên, khi doanh thu vượt ngưỡng hoặc phát sinh hoạt động chịu thuế, việc kê khai và quản lý thuế GTGT cần được thực hiện chặt chẽ để tránh rủi ro bị truy thu.
5. Checklist Kiểm Tra Thuế GTGT Đầu Vào Trước Khi Nộp Tờ Khai
Trước khi nộp tờ khai, việc tự kiểm tra lại toàn bộ thuế GTGT đầu vào là bước quan trọng giúp người kinh doanh chủ động phòng ngừa rủi ro.
5.1. Kiểm Tra Hóa Đơn Theo Góc Nhìn Cơ Quan Thuế
Rà soát hóa đơn theo tiêu chí hợp pháp, hợp lệ và phù hợp với hoạt động kinh doanh giúp phát hiện sớm những hóa đơn tiềm ẩn rủi ro bị loại.
Cơ quan thuế hiện đang soi kỹ "Địa điểm kinh doanh". Nếu hóa đơn đầu vào là tiền thuê văn phòng, kho bãi nhưng địa chỉ đó chưa được thông báo với cơ quan thuế (Mẫu 08-MST hoặc thay đổi đăng ký kinh doanh), thuế GTGT này rất dễ bị loại.
5.2. Đối Chiếu Thuế GTGT Với Doanh Thu Và Ngành Nghề
Thuế GTGT đầu vào cần được đối chiếu với doanh thu và ngành nghề kinh doanh để đảm bảo tính hợp lý. Tỷ lệ thuế GTGT đầu vào bất thường so với doanh thu thường là dấu hiệu khiến cơ quan thuế kiểm tra sâu.
Doanh nghiệp thương mại có biên lợi nhuận gộp thường là 10-15%. Nếu thuế GTGT đầu vào luôn bằng hoặc lớn hơn đầu ra trong thời gian dài (dẫn đến liên tục âm thuế), cơ quan thuế sẽ đặt nghi vấn về việc "mua hóa đơn" hoặc "bán hàng không xuất hóa đơn".
5.3. Tự Đánh Giá Rủi Ro Thuế GTGT Trước Khi Quyết Toán
Trước kỳ quyết toán, việc tự đánh giá rủi ro giúp người kinh doanh chủ động điều chỉnh, bổ sung hồ sơ và hạn chế thiệt hại khi cơ quan thuế thanh tra.
Doanh nghiệp nên tự chạy đối chiếu giữa sổ cái tài khoản 133 và bảng kê hóa đơn điện tử trên cổng hoadonden tu.gdt.gov.vn. Sự lệch pha giữa dữ liệu kế toán và dữ liệu của Tổng cục Thuế là rủi ro bị đặt câu hỏi đầu tiên khi quyết toán.
